MajorDoMo

Вот нашел еще похожую проблемму. http://www.ab-log.ru/forum/viewtopic.php?t=868.
Но там я так понимаю напрямую с портом работали?
И потом решили проблему его настройкой. А как быть если ser2net? Или от него можно отказаться и работать напрямую?

можно и на прямую. Напрямую надо сконфигурить порт линуксовой командой
stty -F /dev/ttyUSB0 speed 2400 min 0 time 0 cs8 -brkint -ignpar -parmrk -inpck -istrip -inlcr -igncr -icrnl -ixon -ixoff -iuclc -ixany -imaxbel -opost -isig -icanon -iexten -echo -echoe -echok -echoctl -echoke

А в php вместо работы с сокетами использовать fopen fread fwrite

Я работал через ser2net потому что машина с МДМ стояла не там же где были выходы сети термостатов, но там был малина.