MajorDoMo

берем avrdude для своей оси(в вашем случае для debian). Из ардуино ИДЕ (C:\Program Files (x86)\Arduino\hardware\tools\avr\etc) берем avrdude.conf и кладем его к своей версии.
комманда для прошивки
avrdude.conf -q -q -patmega328p -carduino -PCOM9 -b115200 -D -Uflash:w:1.cpp.hex:i

atmega328p - заменить на вашу модель AVR
COM9 - заменить на ваш компорт на котором висит ардуина (например /dev/ttyUSB0)
1.cpp.hex - ваш скомпилированый скетч

Вопрос еще. Вот подключаюсь я к малинке, как к удаленному рабочему столу. Запускаю ардуино иде и нажимаю монитор порта. Все хорошо, все видно.
Подключаюсь с другой машины - а ничего нет. Debbian что, для каждого подключения свой рабочий стол создает что ли? Можно как-то сделать, чтобы как в винде - запустил монитор порта и как хочешь подключайся, всегда все будет запущено?

В общем нашел - есть putty под debian )
apt-get install putty